что-то типо этого:
ВЫБРАТЬ    ВЫРАЗИТЬ(&ПараметрГУИДСсылки КАК Справочник.Номенклатура) КАК Ссылка

в параметр &ПараметрГУИДСсылки передаем ГУИД полученный методом СсылкаНаНоменклатуру.УникальныйИдентификатор()

Никак.
Если хотите ссылку из гуида - получайте ее за границами запроса.

(0)А для чего получать из ссылки гуид, чтобы в запросе получать из гуида ссылку? В чем тайный смысл? Почему не передать сразу ссылку?

(2) из другой базы выгружаются гуиды строкой. ваш кэп.

(3)Но тогда это не гуид, а строка же. И не "полученный методом", а полученный обменом.
Я сама могу придумать варианты использования гуида.
Но мы неоднократно наблюдали на данном ресурсе подобные диалоги:

   >RShurik
Контрагент = Справочники.Контрагенты.НайтиПоНаименованию(ВыборкаДетальныеЗаписи.Контрагент);
Договор = Справочники.ДоговорыКонтрагентов.НайтиПоНаименованию(ВыборкаДетальныеЗаписи.Договор);
Соглашение = Справочники.СоглашенияСКлиентами.НайтиПоНаименованию(ВыборкаДетальныеЗаписи.Соглашение);
   >Torquader
"ну нельзя же просто так взять ссылку и использовать её" (с)

Учитывая эти факты я и хотела услышать мнение _автора_.

(2) необходимо хранить некую информацию по номенклатуре в отдельной БД, после в списке номенклатуры необходимо вывести признак, что некая информация занесена в эту самую БД...

(2) Ну так храните ссылки, а не строки.

(7) -> (6)

(6) Что такое Ссылка?  Ваша точка зрения?

Ссылка, в БД 8.ххх это Число, даже не строка и не ГУИД, а 16-ти-ричное число, записанное в длину ГУИД-а :)

(9) да,не число,а двоичные данные,если строгим языком.
и их можно перевести в строку из 36 символов,можно из 32,а особо упоротые могут в 20.
аот ее родимую и хранить в другой базе,а потом назад в идентификатор и ссылку,но не забыть проаерять,что обьект в базе есть.

(0) Если для обмена используются стандартные механизмы типовых конфигураций (на БСП), то может быть РС "СоответствияОбъектовИнформационныхБаз", где хранятся соответствия уникальных идентификаторов и ссылок ИБ участвующих в обменах.