По какой-то причине выпал период в синхронизации (с 20.12 по 10.01), нет выгруженных данных.
Отмена проведения/проведение решает проблему, но
С обменом до этого плотно не работал, подскажите, как отключить признак регистрации обмена, какой регистр за это отвечает?

Есть обработка "Регистрация изменений для обмена". Ею можно как зарегистрировать изменения так и снять с регистрации.

ясно, благодарю