Пока выкрутились так: создали документ регистрация расходов, где выбрали статью доначисления амортизации, документ сам сделал правильную проводку. Затем сделали корректировку регистров по регистру Амортизация ОС. Также необходимо сделать документ "Изменение параметров ОС", где нужно поставить, что амортизация не начисляется(Иначе она будет начисляться в минуса). Сделали закрытие, остаточная сумма обнулилась, ОС осталось на балансе предприятия.