Подскажите пожалуйста, каким образом настраиваются правила регистрации?
Это когда из одной конфигурации выгружаются документы один раз.
И больше их выгрузка не производится. Как и всех остальных объектов метаданных участвующих в обмене.

"Это когда из одной конфигурации выгружаются документы один раз."
Для этого и не используются правила регистрации, а просто разовая выгрузка с помощью обработки "Универсальный обмен данными в формате XML"

Для таких документов лучше вообще отключить авторегистрацию в плане обмена, и регистрировать их один раз в модуле документа, в процедуре при записи с видом записи проведение.

+при проведении новых соответственно
++ если я правильно понял вашу проблему :))

(2) не надо никаких модулей и правил регистрации
для одноразовой выгрузки можно в правилах выгрузки КД просто написать запрос и
Для Каждого Цикл
ВыгрузитьПоПравилу()
КонецЦикла

(1) Обмен планируется регулярный, в фоновом режиме.
По заданию следует использовать правила регистрации.