есть сотрудник, ко которому часть начислений не попадает в анализ по ндфл ( ну и сооотв база и ндфл в отчётах меньше)
например премия и разовое начисление ( перепроводил и удалял и заново подбирал сотра - не помогает ) .
чего смотреть и что делать непонятно

Ну как чего смотреть, если есть документ-регистратора и есть движения этого регистратора.
Начать именно с проверки, что там не так с набором движений.

(1) ну таких косяков, как в предидущем примере (когда период был из другого года) вроде нет

в регистре НУ по ндфл за март есть запись с датой начисления 28 12 с минусом , как найти от какого она дока ?
распровёл все начисления за март - естественно не они

вообще говно какое-то
в ведомости за декабрь 18ого как-то выданы деньги по начислению от марта
как оно автоматом могло так стать! ну это же полная лажа!!!
понятно, что распроводили и перепроводили и перезаполняли, но как программа может автоматом заполнять в декабре выдачу мартом след года ?

(4)+ в декабре 18ого выданы деньги по разовому начислению от марта 19ого ))

(4) Ставьте проверку соответствия начислений и выплат + защиту платежных документов от редактирования, тогда будете заранее защищены от таких вот ситуаций =)

(5) а вот периоды надо закрывать.
Вообще, ЗУП очень болезненно себя ведет, когда вламываются в старые документы, после которых проведены уже еще кучка. Как бы отслеживание по ТА - это не про ЗУП.

(6) (7) это понятно, а вот что сейчас делать непонятно

рецепт, если не пользоваться какими-то обработками, не знаю только готовых таких, то можно просто расспровести все документы и последовательно затем все проводить.
Если это движение именно в наборах записей регистра, то можно слепить обработку по идее, которая может перезаписывать эти наборы. Ну там в ОбменДанными.Загрузка = Истина и т.д.

Если ничего готового под руками нет, то обработка должна быть похожа на документ Перенос данных. Но перенос данных не умеет подхватывать уже готовые наборы движений от чужих регистратор. Только от себя. Но можно его переделать чуточку и он сумеет подхватывать регистраторы, а дальше в Переносе поправлять записи из регистров на правильные.

(9) просто перепроводить или ещё и перезаполнять ?
что делать с выплатой декабря, которая подцепила начисления след года ?

А она не подхватит... Ты же подхватку видишь в регистре? А подхватывать нечего будет. Документы после декабря будут распроведены. На копии пробуй - увидишь.

(12) т.е. даже если в выплате явно стоит док основание, то при проведении движений не будет, так как он( док осн) распроведён

(13) т.е. последовательность нужно как бы вручную восстановить. Само собой есть вероятность, что будут изменятся суммы в ведомостях, т.к. оно уже не будет брать то, что не нужно.

Кстати, если есть копии баз, которые между декабрем и мартом (тот самый период глючности) как думаешь, суммы в ведомостях за декабрь будут равны сегодняшнему состоянию этого же документа?

"Правильную" последовательность восстановить - это я про то состояние документов, которое было в базе в момент выдачи по ведомостям, а не после того, как шаловливые ручки расчетчиков шарахались вразнобой где попало в полном хаосе.

Любимая кнопка у этих ручек - желтая такая "Провести и закрыть". После такого залета точно возненавидишь наличие этой кнопки.
Хотя рецепт известен и выше был озвучен :: не нужно бросать старые периоды не закрывая их датой запрета редактирования.