при записи проводок выходит ошибка "поле подразделение должно быть пустым".
вставил такой код:
    Для каждого Запись ИЗ Источник Цикл
        Если НЕ Запись.СчетДт.УчетПоПодразделениям Тогда
            Запись.ПодразделениеДт = Неопределено;
        КонецЕсли;
        Если НЕ Запись.СчетКт.УчетПоПодразделениям Тогда
            Запись.ПодразделениеКт = Неопределено;
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;

Но я не уверен что туда нужно писать Неопределено, может быть лучше Null, или пустую ссылку?

Запись.ПодразделениеДт = ""; не прокатывает?

(1) все перечисленные варианты прокатывают, вопрос в том как правильнее?

(2) И так и так ЗначениеЗаполнено(Значение) будет выдавать ложь

Я бы оставил Неопределено
так лучше видно, что оно действительно не должно быть определено

Запись.ПодразделениеКт = Справочник.Подразделение.ПустаяСсылка(); - так тип сохранится

(5) только я не помню с пылу с жару - возможно, что не всегда это хорошо, что в ПодразделениеКт будет установлен какой-то тип.

(5) (6) если там уже определенно что это Справочник.Подразделение , то при любом раскладе там будет Справочник.Подразделение.ПустаяСсылка();
Если тип не определен и его надо переопределять программно, то есть ли смысл определять его как Справочник.Подразделение.ПустаяСсылка(); ?

(0) 1. введи операцию вручную по этому счету
2. запиши проводки вот эти туда куда ты их записываешь
3. в оборотке по этому счету посмотри, не появились ли дубли подразделений

(7)Зависит от того, как оно в коде проверяет. Если на ЗначениеЗаполнено - это одно. А если на равенство пустой ссылке - другое.