Хочу сделать обработку, есть "источник" где мы выбираем папку справочника номенклатуры. И "приемник" тут мы выбираем папку куда скопируем все элементы и вложенные папки выбранного "источника". Задача была бы просто если не было вложенных папок, а только элементы, тогда можно было просто сменить родителя элементов и записать. Но как скопировать все элементы выбранной папки в другую папку в рамках одного справочника со всеми вложенными папками?

есть такое понятие, как рекурсия

если без рекурсии, то записать сначала и группы и элементы в плоский список, а на 2-м проходе записать поле родитель.
с рекурсией гемор - для студентов с рогатками на пустом месте.
почти всегда пишу в два прохода без рекурсий и минимум затыков.

(0) Скопировать или переместить?

И в 1С иерархия групп и/или элементов какие еще "папки"?

(3) +1
для перемещения - можно и мышой кликнуть

(3) скопировать

(5)
НоменклатураВыборка = Справочники.Номенклатура.ВыбратьИерархически(Источник);
Пока НоменклатураВыборка.Следующий() Цикл
// ...
КонецЦикла;

хм...а что там делать?
Выбираешь все что нужно, например, запросом. Потом обход и копирование.
Если родитель у скопированного "источник", то меняем его на "приемник". Все, профит.

СправочникСсылка.<Имя справочника> (CatalogRef.<Имя справочника>)
Скопировать (Copy)
Синтаксис:

Скопировать()
Возвращаемое значение:

Тип: СправочникОбъект.<Имя справочника>.

Описание:

Создает новый элемент справочника копированием существующего.

Доступность:

Сервер, толстый клиент, внешнее соединение, мобильное приложение(сервер).
Примечание:

Использование метода не приводит к записи созданного объекта в базу данных.

(6) (7) ДА я думаю у человека все проблема в обходе дерева

(7) Ну и с группами точно так же. Всегда подменяешь родителя на родителя в "приемнике". Тут вариантов куча.

ХОтя пример из (3) показывает как и без него можно