Можно ли имея ссылку на товар в базе №1, создать такой же в другой базе с другой конфигурацией и другим справочником элемент с такой же ссылкой?

Да, можно

(0) С таким же значением уникального идентификатора ссылки - можно.
С такой же ссылкой - нельзя, так как типы справочника разные.

(2) Понял, спасибо.