Сейчас ситуация достаточно печальная. Задачи падают в service-desk, который максимально неюзабелен. Задачи висят, контроль лежит на самих пользователях со всеми вытекающими.
Кто что использует для управления проектами и прочими мелками задачами? Как лучше организовывать подобные процессы?

Я думаю, что стоит озвучить количество разработчиков.
У нас вот 3 (включая руководителя), и разработка не командная, а каждый пилит свой проект.
Раз в неделю руководитель узнаёт чем мы планируем заниматься.
Иногда меняет порядок планируемых задач.
+ по каждой задаче от пользователя (а они чаще всего приходят в нашем маленьком отделе от пользователей), мы должны получить от него письмо с текстом "да, делать."
А дальше в нашу работу почти не вмешивается, если ничего не случилось.