документ оприходования ?
Стоит задача посчитать прибыль раздельно - когда документом оприходования в регистре партий является документ "Комплектация" и все остальные продажи, когда вид документа отличен от "Комплекиации". Как это сделать?

По регистратору обороты взять?

две ВТ с условием по виду регистратора.Потом соединяй как хочешь...Если конечно умеешь:-)

(1) Да, обороты, по регистру "Продажи" взять стоимость, по регистру "Партии товаров на складах" - себестоимость, но перед этим разделить результат на две таблицы, в первой все продажи, когда документ оприходования в регистре "Партии товаров на складах" "Комплектация" - прибыль произведенной нами продукции, все остальное - перепродажа товара.
(2) Как именно связать "Партии товаров на складах" с регистром "Продажи" ? При проведении реализации может списаться несколько партий одного и того же товара, а в регистре "Продажи" будет всего одна строчка по этому товару.... По каким полям связать "Продажи" и "Партии товаров на складах" ?

(3) по. реги.стра.то.ру. И по товару, разумеется.

(4) А как быть если в реализации один и тот же товар продали двумя строчками и цены (стоимость) в этих двух строчках разная ?

(5) По средней, например. Или по минимальной. Или максимальной. Или по методу 3п.
Всё зависит от потребности.

(0) УТ 10.3 вроде бы есть регистр "Списанная себестоимость", который привязан к документам продажи.

(7) "Продажи себестоимость" :)

(3) можно по номеру строки связать "Продажи" и "Продажи себестоимость"