При сравнение конфигурации поставщика и основной конфигурацией много объектов с различиями только в справочной информации, как эти объекты сделать одинаковыми,чтоб не было различий?

Ты не поверишь....

В общем случае никак, т.к. оно зависит от используемого движка ИЕ в ОС хоста, где запущен процесс конфигуратора.
Т.е. (1) намекает на сравнить-объединить и принять изменения, но это только частный случай и может не сработать.

понятно, сравнить объединить,установил галки сделал, вроде сработало.