По подразделению могу через КадровыйУчет.ПараметрыПолученияСотрудниковОрганизацийПоСпискуФизическихЛиц()
Но в данной структуре нет должности.
Научите, как сделать

вариант отбора по подразделению и потом фильтр по должности, так сделано
Но хочется оптимизировать код

Довели костылями-функциями трешечников, два регистра в запросе соедмнить не могут.

(2) не рекомендуется запросы к регистрам строить

(0) таблицы то известны где данные хранятся ? Если да - тогда  селект звездочка фром

(3) раз так тогда в текст выгружать и парсить

ПараметрыПолученияСотрудников = КадровыйУчет.ПараметрыПолученияСотрудниковОрганизацийПоСпискуФизическихЛиц();
ПараметрыПолученияСотрудников.НачалоПериода = НачалоПериода;
ПараметрыПолученияСотрудников.ОкончаниеПериода = ОкончаниеПериода ;
ЗарплатаКадрыОбщиеНаборыДанных.ДобавитьВКоллекциюОтбор(ПараметрыПолученияСотрудников.Отборы, "ДолжностьПоШтатномуРасписанию", "=", Позиция);
КадровыйУчет.СоздатьВТСотрудникиОрганизации(Запрос.МенеджерВременныхТаблиц, Истина, ПараметрыПолученияСотрудников, "ВТСотрудникиОтбор");

(6) вот как, отборы же ж, спасибо!