Дошел до того, что при закрытии месяца определяется дата актуальности из этого запроса:    
"ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
    |    ТаблицаПоследовательности.Регистратор КАК Регистратор,
    |    ТаблицаПоследовательности.Период КАК Период,
    |    ИСТИНА КАК ЭтоДанныеПоследовательности
    |ИЗ
    |    Последовательность.ДокументыОрганизаций КАК ТаблицаПоследовательности
    |ГДЕ
    |    ТаблицаПоследовательности.Организация = &Организация
    |    И ТаблицаПоследовательности.Период >= &НачинаяСДаты";
где НачинаяСДаты = 01.01.2016, соответственно запрос возвращает первый документ от 16.01.2016 и далее говорит, что начиная с этой даты надо все перезакрывать..

Подскажите как это исправить?

точнее в запросе выше все верно происходит, а вот дальше он начинает искать закрытые периоды, а их в реальности нет...

а, все ясно. Он ищет регл операции закрытия месяца, если не находит, то значит надо в любом случае перезакрывать. Ясно) Вылечу этот момент расширением)

главное, чтобы потом кто-нибудь нашелся, кто вылечит последствия такого лечения