Бухгалтерия,
документ списание с расчетного счета
Подписка  ОбработкаПроведения
запись в подчиненный регистр накопления

код
    Движения  = РегистрыНакопления.Проекты.СоздатьНаборЗаписей();
    
    Движения.Отбор.Регистратор.Установить(Источник.ССылка);
    Движения.Прочитать();
    Движения.Очистить();
    строка = Движения.Добавить();
    строка.Проект = Источник.Проект;


    Движения.Записать();

куда смотреть? голову сломал

Именно при втором? А при третьем?

Может быть Движения.Записывать = Истина? В свойствах документа "Запись движений при проведении" что установлено?

Если есть движения удаляются если нет добавляются
(2) Пробовал в отладке ставить , не помогает, но еще раз перепроверю поставлю безусловно

В свойствах документа "Запись движений при проведении" что установлено? выбранное.

в документе выбрано "Записывать выбранные"

Движения.Прочитать();
    Движения.Очистить();
Первая строка в такой конструкции явно лишняя

Ну и это, имя переменной "Движения" по-хорошему поменяй (как минимум по двум причинам)

(7) поменял, но в подписке вроде не играет значение

(8) Да, не играет (технически). Но, во-первых, твой код потом могут захотеть (по неважно какой причине) перенести в модуль объекта, где это уже вызовет конфликт с платформенным одноименным свойством документа-объекта, т.е. усложняется рефакторинг. Ну а во-вторых (частично вытекает из первого) - считай это слово зарезервированным за обозначение коллекции движений (наборов записей). А ты создаешь один набор записей.