Обычное приложение.

открываю форму выбора из ячейки ТЧ с отбором:
СтандартнаяОбработка=Ложь;
нФормаВыбора = Справочники.ОсновныеСредства.ПолучитьФормуВыбора(, Элемент);
нФормаВыбора.Отбор.СОБи_СодержимоеДМНеизвестно.ВидСравнения = ВидСравнения.Равно;
нФормаВыбора.Отбор.СОБи_СодержимоеДМНеизвестно.Значение = Ложь;
нФормаВыбора.Отбор.СОБи_СодержимоеДМНеизвестно.Использование = Истина;
нФормаВыбора.Открыть();

Но в таком случае, если в ячейке уже выбран объект, то я все-равно попадаю в корень справочника.
А нужно, чтобы работало, как в стандартной процедуре - если в ячейке значение заполнено, то открывать справочник и активизировать элемент, который указан в ячейке ТЧ.

Не могу найти, как это реализовать.

Все оказалось достаточно просто. Достаточно было указать начальное значение выбора: нФормаВыбора.ЭтаФорма.НачальноеЗначениеВыбора=Элемент.Значение