Суть проблемы описана тут v8: Порядок выгрузки объектов: Конвертация данных . Если коротко, сначала выгружались документы расхода, а уж потом прихода, что есть неправильно и нелогично. Автор пришел к другому решению вопроса. Однако, все тривиально и просто: порядок выгрузки объектов в конфигурациях на базе БСП определяется порядком их следования в макете ПравилаРегистрации соответствующего плана обмена (или в правилах регистрации из внешнего файла). Пишу для тех, кто может столкнуться с подобной проблемой, сам в свое время намучился :)

(0) ни че себе, прям из правил регистрации порядок берётся?

Да, но с учетом порядка ПВД в правилах конвертации. Тоесть нужно обеспечить согласованность порядка размещения ПВД и порядка следования объектов в Правилах регистрации

(2) а как выяснил ? А если у объекта авторегистрация, то какой порядок?

Методом научного тыка выяснил. В конвертации был нужный порядок ПВД, однако документы выгружались как попало. После чего заглянул в правила регистрации, в которых был иной порядок выгрузки документов. У меня у всех объектов авторегистрация разрешена.

(4) "У меня у всех объектов авторегистрация разрешена." И "После чего заглянул в правила регистрации"
Дичь какая-то