Суть проблемы описана тут
v8: Порядок выгрузки объектов: Конвертация данных . Если коротко, сначала выгружались документы расхода, а уж потом прихода, что есть неправильно и нелогично. Автор пришел к другому решению вопроса. Однако, все тривиально и просто: порядок выгрузки объектов в конфигурациях на базе БСП определяется порядком их следования в макете ПравилаРегистрации соответствующего плана обмена (или в правилах регистрации из внешнего файла). Пишу для тех, кто может столкнуться с подобной проблемой, сам в свое время намучился :)