При обновлении ЗУП 3 с 3.1.13.76 на 3.1.13.120 нарвался на ошибку Значение не является значением объектного типа (ГоловнойСотрудник)
так как раньше подобное обновление проходило гладко, стал искать причину. Особенность базы - это кусок РИБ, превращенный в самостоятельную базу. Нужно было из конгломерата организаций выделить одну.
Всё выбрано более чем хорошо, за исключением указанной проблемы при обновлении.
Когда посмотрел справочник Сотрудники, увидел, что поле ГоловнойСотрудник заполнено. Но при выводе в консоли, ссылка как самой записи, так и у головного сотрудника выглядит, как <> для всех записей. При этом наименование заполнено, физическое лицо заполнено. Ссылка физического лица выглядит корректно и равно наименованию.
Есть подозрение, что обновление валиться именно по этой причине - некорректное представление ссылки в справочнике Сотрудники.

"уголовного сотрудника".. ;=-)

Посмотри в модуле менеджера, не переопределены ли пара обработчиков получения (полей и представления)

А еще так бывает, когда у справочника длина кода и длина наименования выставлены в ноль. Тогда с полями родителя в формах такой баг.

Забавно. Прошёлся отладчиком по событиям справочника Сотрудники, и ссылки стали отображаться корректно. Чудеса.

Всё оказалось просто. При создании РИБ выгрузились документы СЗВ-ТД по другим организациям, несмотря на фильтр. Как итог, несколько документов с битыми ссылками, как по организации, так и по сотрудников. Документы выгрузились, а сотрудники других организаций - нет. Пришлось писать расширение, которое гасило все проверки, не дававшие ни распровести, ни удалить документы СЗВ-ТД.
По всем остальным справочникам и документам РИБ сработала корректно, лишнего не передала.