1. Делаю документ Списание безналичных денежных средств с типом операции  Перечисление на депозиты
2. Создаю у контрагента договор кредита/депозита в котором указываю, что это депозит
3. Провожу платежку
    она формирует проводку Дт 58.3 (с субконто контрагент/договор)   Кт 51.

А как настроить, чтобы депозит на 55 счете отражался, там аналитика - расчетный счет?

на 55 счёте наши депозиты, которые мы открываем в своём банке. Под каждый депозит (сделку) банк создаёт расчётный счёт. Деньги остаются в компании.

На 58 счёте мы предоставляем деньги по договору займа. Деньги временно уходят из компании.

(1) совершенно верно. При создании платежного поручения с типом операции  Перечисление на депозиты ERP требует указания:
1. Контрагента (я указываю в качестве контрагенита БАНК)
2. договора кредита/депозита.

После чего формирует проводку на 58.

А как сделать чтобы он просто как в УПП делал проводку 55 - 51 непонятно..

(2) Надо просто выбрать другой счёт учёта депозита, 55.

(3) Получилось так:
Если не использовать тип операции Перечисление на депозиты  а просто Перевод на другой счет и указать другой счет организации, где в качестве счета учета указать 55, то можно документом списание безналичных средств списать на 57, а документом Поступление безналичных с 57 на 55 оприходовать.