При заполнении ТЧ работаю с выделенными строками.
При повторном заполнении ТЧ индексы выделенных строк не обновляются в соответствии с индексами ТЧ, а увеличиваются.
Обновление происходить только после перезапуска обработки.
Есть способ обновить или очистить индексы выделенных строк без перезапуска обработки.
Надеюсь понятно о чем речь, на случай если некорректно выразился.

Решено

ВыделенныеСтроки = Новый Массив;

Для каждого Строка из Элементы.ТаблицаТовары.ВыделенныеСтроки Цикл
    НомерСтроки = Объект.ТаблицаТовары.НайтиПоИдентификатору(Строка).НомерСтроки;
    ВыделенныеСтроки.Добавить(Объект.ТаблицаТовары[НомерСтроки - 1]);
КонецЦикла;

Для каждого Строка из ВыделенныеСтроки Цикл
    Строка.Номенклатура = "";
КонецЦикла;

(2) НайтиПоИдентификатору() возвращает строку ТЧ, незачем её повторно получать чере индекс

(2) Это давняя фича, в типовых обычно получают максимальный индекс до изменения.

(3) (4) спасибо)