на сколько это правильно, что несколько списаний ссылаются на одно платежное поручение. Есть платежное поручение на 3000 р, бух сделал физически одно списание на      2000 р и потом создал еще один физический документ на 1000 рублей и так же указал платежное поручение.

(0) на мой взгляд, вообще по барабану, ПП можно из этой цепочки вовсе выкинуть
единственная цель ПП - для передачи информации в банк
имеют значения списания, и заявки на списания (если используются)