Есть табличная часть - там есть реквизит со ссылкой на справочник с файлами (ХранилищеЗначения).
Есть обработки способные это перетянуть?

Выгрузка загрузка данных xml с галкой "Выгружать по ссылке" на всех элементах не отрабатывает разве?

Да и универсальный обмен в формате ХМЛ (по правилам конвертации) тоже вытягивает все

Надо доперенести эти данные. Универсальный же загрузит новые

(3)в исходной постановке этого не было