Создал ВПФ, в сведениях о внешней обработки добавил в таблицу команд три команды печати. В справочнике дополнительных обработок команды три штуки, в форме списка документа тоже три, но в форме документа их не три, а пять (два дубля). Как так?

В типовых нет "справочника доп.обработок.
озвучь конфигурацию, судя по всему в твоем случае "пофигурацию"

"форме списка документа" - это что такое? нет такой сущности как "форма списка документа"

обычный вариант:
есть документ.
в документе есть встроенный макет (один или несколько).
есть кнопка "выбор печатной формы".
по ней показывается список печатных форм, который включает
- встроенные формы, определенные в конфигураторе"
- подключаемые внешние формы

(1) типовая на бсп, конкретно erp 2.4

ох ты епата-тае, я куда лезу с 77...

(5) да, мой косяк, что сразу не написал про уф и бсп

(0) Нахрена 3 команды печати?

Там же есть печать пакета документов типовая

(7) одна обработка, три макета печатных форм, три команды

непонятно почему в справочнике доп. обработок и в форме списка документа отображается корректно, а в форме элемента этого документа лишние две команды. Кэш чистил

в отладчике смотреть заполнение команд

(11) в командах формы только три моих команды. Проверил при непосредственном их заполнении и после открытия формы в одном из событий реквизита. Не знаю даже что за ерунда, в ут 11.4 добавлял аналогичным способом две команды и никаких дублей не было. Сделаю тогда три одинаковые обработки, каждая из которых отличается на одну строку