Почему в типовых конфигурациях делают к каждому документа свой справочник ПрисоединенныеФайлы? Если можно их хранить в табличной части самого документа, или в регистре сведений (тогда можно 1 хранимый файл привязывать к нескольким документам).

В документе - это дико его утяжелит, когда скажешь ПолучитьОбъект()
В РС - на конкретный файл будет очень сложно ссылаться непосредственно

1. А если хранить только путь на сами файлы? А не сами файлы в хранилище значений(что само по себе плохая практика). Тогда предпочтительнее же в табличной части пути на файлы хранить, чтоб все было в одном месте?
2. Почему сложно будет ссылаться? Ничего трудно же чтоб запросом файлы получать: "Выбрать Т.ПутьКФайлу Из РегистрСведений.ПрисоединенныеФайлы Как Т Где Т.СсылкаНаДокумент = &Ссылка"

(0) Вопросы "Почему" в данном месте всегда риторические. Самое простое решение-сделай так, как ты считаешь правильнее. Типовые конфигурации и БСП=это всего лишь конструкторы.

Элемент справочника потерять или удалить сложнее, чем удалить запись из РС или строку из ТЧ

ИМХО все из-за RLS и даты запрета редактирования
Очень часто ты прикрепляешь сканы уже после того как период закрыт. Т.е. получаеться нужно изменить документ без изменения и перепроведения. Вот чтобы не городить огород как разрешить менять документ в закрытом периоде и сделали отдельной сущностью
Второй момент девочка которая добавляет прикрепленный документ не должна иметь возможность менять сам документ. Т.е. у неё может и не быть прав на изменения документа. Вот чтобы не давать права на то что не надо проще хранить в отдельной сущности
Ну и третий момент RLS. Когда у каждого вида документа свой вид прикрепленного файла тогда легко можно раздать доступ к прикрепленным файлам. Т.е. ограничить доступность и видимость этих файлов в зависимости от прав. Если хранить все в одном файле, то сложно организовать велосипед по предотвращению доступа к тем файлам к которым девочка не должна иметь доступ.

(4) (5) Спасибо большое, звучит логично.