Нужно выбрать записи из регистра бухгалтерии (у нужного счета есть субконто "Документ") и соединить их с записями из регистра накопления (в котором есть измерение "СчетФактура"), условие соединения Документ=СчетФактура.

Можно сделать просто так:
ХозрасчетныйОбороты.Субконто2 = РегистрНакопления.СчетФактура

Либо использовать Выразить() для полей в обоих регистрах, так как типов документов и там, и там немного:

ВЫБОР
    КОГДА ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 ССЫЛКА Документ.ПоступлениеТоваровУслуг
        ТОГДА ВЫРАЗИТЬ(ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 КАК Документ.ПоступлениеТоваровУслуг)
    КОГДА ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 ССЫЛКА Документ.СчетФактураПолученный
        ТОГДА ВЫРАЗИТЬ(ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 КАК Документ.СчетФактураПолученный)
    <и так далее>
КОНЕЦ КАК СчетФактура

Такую же конструкцию сделать в запросе к регистру накопления, и потом уже соединить обе таблицы.

Как правильнее?

(0) в данном случае я бы не заморачивался с "выразить"

(0) А Выразить в самом скуле ограничивает запрос же по типу документа?

(0) выразить жизненно необходимо когда идёт разыменовывание поля составного типа (обращение через точку)
Конкретно в Вашем случае этого нет и смысла в операторе Выразить нет

не надо

тут вообще ВЫБОР не нужен, ибо лучше не стало