Есть обмен УТ 10.3 -> БП 2.0
В РС СоответствиеОбъектовДляОбмена почему-то появляются записи с одинаковыми идентификаторами ссылок в другой ИБ.
Очень много с типом СправочникСсылка.КонтактныеЛица и несколько десятков с другими типами (в т.ч. контрагентов).
Откуда они появляются и что с ними делать?
Вручную менять ИД?

У тебя появились соответствия "один-ко-многим" или "много-к-одному".  Что конкретно не понятно, т.к. не понятно про какие идентификаторы речь (приемник или источник). Возможно это нормально. Ну или правила переписали и сопоставление выполняется не по GUID, а по другим полям.

(1) для наглядности
https://b.radikal.ru/b03/2006/e9/e92f9f89dc1e.png

и остальные объекты
https://c.radikal.ru/c08/2006/30/318291589a34.png

правила типовые