Не знаю как, но остаток по ячейкам отличается от остатка на складе.

Есть типовой способ выравнивания этих остатков взяв за основу остатки по ячейкам или по складу?

А если не типовой - какой интересный вариант вы видите?

инвентаризация.

(0) за основу нельзя брать "остатки по складу" - это учетные остатки, взятые из воздуха.
за основу следует брать остатки по ячейкмми - физически присутсвующие реально на складе.
.
остатки по складу могут быть какие нить виртуальные остатки - их тогда не надо списывать, а обособить перемещением на какой-нить виртуальный склад.

(1) она проходит по ячейкам, но списывает и остатки по складу и по ячейкам.

(2) Что значит обособить? Это как то влияет на расчет себестоимости или чего то такого при закрытие месяца?
Но автоматом такое не сделать как понимаю. А значит не проще ли, если все равно писать обработку, сделать документ корректировки регистров?

(3) по (1): если перед инвентом у тебя в ячейках значилось 100 шт, а по остаткам на складе 110 шт.
по факту инвента ты насчитал 80 шт - по ячейкам ты списываешь 20 шт, по остаткам - 30 шт.
после инвента: по ячейкам = 80, по остаткам = 80.

(3) обособить - значит хоть как-то привести учет в соответствие к действительности.
например: вы ВРЕМЕННО, без всяких бух документов отдаете товар на фотосессию или как образцы в сеть, предполагая что они вернутся. по ячейкам этот товар уйдет "с баланса". А вот как он будет отражен "на балансе" по остаткам на складе (или по остаткам организации) - по учету он числится на вашем балансе - тут как сделаете.. например, перемещение на некий виртуальный склад "Товары на стороне" или Передача на ОХ (но без документов!) - тут уж как вам надо (для того, чтобы при проведении инвентаризации товары в ячейках вы соотносили для итогов инвентаризации с нормальными учетными остатками, а не завышеннымина ушедшие со склада (но потом может вернутся.. а может и нет). Причем в УТ11 - я хз не спец, там же есть и товары на складах и товары организаций и еще куча всякой хрени по учету ТМЦ.

(2) тут вопрос в организации учета... и так безапелляционно утверждать, что "за основу следует брать остатки по ячейкмми" я бы не стал...

(6) согласен.
можно перефразировать
остатки в ячейках - как часть исходных данных.