Есть две локальные сети, соединенные по VPN. В каждой есть сервер 1С и клиентские лицензии, Но при обращении к первой сети из второй отсутствуют свободные лицензии. Как настроить сервер в первой сети, чтобы клиенты из второй использовали лицензии второго сервера?

Если есть VPN, то это уже логически одна локальная сеть.

к первой сети есть ещё подключения. Задача в использовании "своих" лицензий во второй сети. Сервер первой сети не даёт использовать клиентские лицензии второго, хотя там свободные есть.

(2) программные или аппаратные ключи?

на первом программные на втором аппаратные

1) проверить пинг из второй к первой к ПК с ключами и менеджером лицензий
2) проверить порт 475 из второй к первой к ПК с ключами и менеджером лицензий
3) проверить настройки поиска ключей на компе во второй сети

(4) (2) и как вы представляете: сервер с программными лицензиями будет их раздавать в другую сеть с другим сервером 1С, где используется аппаратный ключ?
Вам только сервер лицензирования на другой машине поднимать.

что с лицензиями, где активированы? как раздаются?
подключение не по RDP?
"сервер 1С" в (0) - это именно Сервер 1С:Предприятия, а не файловая шара, терминальный или веб-сервер?
все подключающиеся клиенты - это толстый/тонкий клиент 1С, веб-клиентов нет?