ВЫБОР
   КОГДА ДДСОбороты.СтатьяДвиженияДенежныхСредств = &ВыручкаОптДеньги        
      ТОГДА ВЫБОР
               КОГДА ДДСОбороты.ПриходРасход = &Приход ТОГДА СУММА(ДДСОбороты.СуммаОборот)
               ИНАЧЕ -СУММА(ДДСОбороты.СуммаОборот)
            КОНЕЦ
   ИНАЧЕ 0
КОНЕЦ КАК ВыручкаОптДеньги,

Синтаксически нормально.
А логически - тебе видней, что ты хочешь сделать...

(1)Да расход минусовать. Это если клиент не то где-то выбрал, чтобы все отчёты потом сходились.

Нормально. Можно без вложенных выборов
ВЫБОР
   КОГДА ДДСОбороты.СтатьяДвиженияДенежныхСредств <> &ВыручкаОптДеньги  ТОГДА 0      
   КОГДА ДДСОбороты.ПриходРасход = &Приход ТОГДА СУММА(ДДСОбороты.СуммаОборот)
   ИНАЧЕ -СУММА(ДДСОбороты.СуммаОборот)
КОНЕЦ

Вероятно, расходами по этой статье фактически отражают какие-то особые случаи. В нормальной-то ситуации по ней только приход должен быть.

Другими словами расход по ней если и есть, то редко и как раз в виде какой-то хитрой корректировке прихода.

(2) С точки зрения контроля - неверно ессно. Так как если статья выбрана ошибочно то мы просто плюем на возможные искажения учета. Но тут уже хозяин-барин.

(3)Крутяк, в следующий раз так и напишу.
(4) Расходами по этой статье отражается криворукость пользователей.

ДДС это не оборотный регистр часом?

(0) да, более чем допустим. А что смущает?

(7) а что мешает исправить статью, чем потом настраивать отчеты?
Можно же сделать проверочные отчеты, которые показывают приход/расход по статьям, где их не должно быть.