При выгрузке данных во внешние системы необходимо отслеживать что запись в регистре удалена
Как на Ваш взгляд это можно сделать ?  
Какие есть идеи ?

(0) через план обмена запилить

потом запросом получаешь изменения по узлу+левое соединение с реальной табличкой, если нужный реквизит есть NULL - записи в регистре нет.