Есть выборка запросом по данным вирт. таблицы РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Обороты.
Если я буду записывать документы по данным результат запроса может ли измениться результат выборки или это проблема только объектной модели?

Нет, не может.

Выборка в обьектной моделе - сама по себе проблема.