Ситуация такая, есть две базы, с почти одинаковыми планами счетов, версии конфигураций одинаковые.
Необходимо синхронизировать планы счетов. Есть несколько ситуаций:
1) в первой базе один счет, во второй базе по этому счеты есть субсчета
2) в первой базе на счете одно субконто, во второй другое
Кто сталкивался с подобным, поделитесь опытом.

опишите, что Вы понимаете под словом "Синхронизировать"

зачем?
документы - синхронизируются и проводятся, делая на своих планах счетов (каких надо - в каждой базе!) свои проводки (какие надо - в каждой базе!).
или заводите третью конфигурацию для консолидации буз.проводок, в метаданных которой - только операция. там заводите сводный пс. и настраивайте обмен из обеих баз: выгружать - только проводки по бух.регистрам, при этом для импорта в целевую базу предварительно преобразовывать их к нужному виду.

ну или заводите абсолюлютно одинаковый новый сводный пс в обеих базах, расписывайте правила соответствия проводок в каждой базе, а потом согласно этим правилам - программируйте "в лоб" дублирование проводок на этом сводном пс. причем программировать можно через обработку (можно заточить ее под регламентное задание), либо перетрахивать обработки проведения каждого документа.