1С вроде как советует ставить пометку "проверка заполнения" всегда, и удалять из массива проверяемых реквизитов в обработке проверки заполнения.

а вот как исключить проверку в конкретной строке табличной части?

(0) Исключить из проверки ТЧ(или её колонки) и проверить нужное кодом