Удаление
для всех документов

Открываю все роли
Выбираю Документы
Жму по галке "Удаление" - она не снимается, а наоборот ставится - и за ней для всех ставиться разрешение на чтение

Ну тут ограничение UI - по клику можно сделать только одно действие, либо снять, либо установить. Устанавливают намного чаще, поэтому выбор разработчиков логичен.

Тебе, скорее всего, достаточно снять Интерактивное удаление. Сначала всем установи, потом сними. На другие права не влияет.

(1) влияет - чтение ставится

(1) хотя надо проверить ...

(1) проверил - там вообще 3 права еще ставятся
в общем выгрузка в файлы - наше все

что-то не понятно - как права выгружаются в файлы?

    <object>
        <name>Catalog.ШаблоныАнкет</name>
        <right>
            <name>InteractiveDelete</name>
            <value>false</value>
        </right>
        <right>
            <name>InteractiveDeletePredefinedData</name>
            <value>false</value>
        </right>
        <right>
            <name>InteractiveSetDeletionMarkPredefinedData</name>
            <value>false</value>
        </right>
        <right>
            <name>InteractiveClearDeletionMarkPredefinedData</name>
            <value>false</value>
        </right>
        <right>
            <name>InteractiveDeleteMarkedPredefinedData</name>
            <value>false</value>
        </right>
    </object>

    <object>
        <name>Catalog.ШаблоныАнкет</name>
        <right>
            <name>Read</name>
            <value>true</value>
        </right>
        <right>
            <name>View</name>
            <value>true</value>
        </right>
    </object>

а если вообще все галки стоят - объект вообще не упоминается в файле выгрузки

Да проще прощелкать все.
AutoHotKey в помощь.