Есть конструкции типа:

    Если источник.обменданными.загрузка Тогда
        Возврат;
    КонецЕсли;

    Если источник.обменданными.загрузка = истина Тогда
        Возврат;
    КонецЕсли;

    Если источник.обменданными.загрузка Возврат; КонецЕсли;

Все их надо переделать на

    Если ЭтоРежимЗагрузки(источник) тогда
        Возврат;
    КонецЕсли;

Типовой поиск по модулю не может работать с переносом каретки (энтер).

Есть ли инструменты чтобы можно было заменить код? Можно просто стороние программы

Эммм...  

Ctrl+H ?

выгрузи текст модуля в ворд ворд и делай что твоей душе угодно угодно. Может, в какой - нибудь Notepad++ - он, вроде и формат соблюдает