Делаю свою систему синхронизации на основе плана обмена и HTTP-сервиса,
с существующим объектом все ОК - отправил, получил подтверждение - удалил регистрацию

а как удалить регистрацию "Объект не найден"?

(0) запрос к табличке изменений, с условиемм на узел + левое соединение к реальной табличке по полю (полчм) из того, что есть в изменениях с условием на поле из второй таблички есть нулл..получаешь битую ссылку и дплее в выборке планобмена.удалитьрегистрацию(выборка.битая ссылка)

Если регистрация регистра сведений, то в запросе получкние всех измерений, в выборке ролучение набора и его кидать в удалкниеирегистрации

Есть такой объект "УдалениеОбъекта". По нему тоже можно изменять регистрацию.