Где сумма НУ просто меньше, чем БУ записывает проводки нормально. Где НУ записываю 0, меняет на сумму БУ.

Очень информативно. Начни хотя бы с указания документа. "записываю 0" - ты это кодом делаешь?

(1)Кодом в обработке проведения своего документа.

(2) Ну показывай код тогда

(3)Код обычный.
                    Проводка.Сумма = гр1.СуммаБУ;
                    Проводка.СуммаНУКт = гр1.СуммаНУ;
                    Проводка.СуммаНУДт = гр1.СуммаНУ;
По дебету либо 20-й, либо 26-й. По кредиту 29-й.

(4)В отладчике смотрел. 0
Раньше БП автоматом раскидывала ПР = БП - НУ. Сейчас что-то новое.

Ага, есть там такое... Там либо конфу менять :-( , либо можешь копейку поставить :-)

(6)Либо ПР или ВР записать? Надо с главбухом переговорить.

(6)(5)
Процедура ОбработатьПроводкиНалоговогоУчета(Проводки, Регистратор)
    
    СуммыНалоговогоУчетаЗаполнены = // Проводки созданы алгоритмом, который рассчитывает суммы НУ
        ЭтотОбъект.ДополнительныеСвойства.Свойство("СуммыНалоговогоУчетаЗаполнены")
        И ЭтотОбъект.ДополнительныеСвойства.СуммыНалоговогоУчетаЗаполнены = Истина;
    
    Если НЕ СуммыНалоговогоУчетаЗаполнены Тогда
        ЗаполнитьСуммыНалоговогоУчета(Проводки);
    КонецЕсли;
    
    ОтразитьДоходыРасходыНеУчитываемыеВНалоговомУчете(Проводки);
    
КонецПроцедуры

достаточно у Набора допсвойство СуммыНалоговогоУчетаЗаполнены указать

(7) Это безусловно правильнее, потом всё равно все эти расхождения ПБУ18 лечить будете

(8) Да, похоже так и боролся...

(8)Добавил в обработке проведения Проводки.ДополнительныеСвойства.Вставить("СуммыНалоговогоУчетаЗаполнены", Истина);
Всё заработало. Благодарю. И откуда ты столько много знаешь?

(11) В смысле "много знаешь"? Открыл и посмотрел, специально для тебя и интереса ради :)
Меня вот удивляет, как такие вопросы возникают у людей, умеющих пользоваться отладчиком.

(12)Помнится, интересные идеи по запросам подкидывал. А здесь у меня сработал стереотип, что код одинэсных конфигураций - это многостраничные мраки. И, чтобы докопаться до истины, нужно потратить много часов в отладчике.

(13) >> И, чтобы докопаться до истины, нужно потратить много часов в отладчике.
К БП это в меньшей степени относится. Ну и для данной задачи даже отладчик не понадобился: есть набор записей, есть понимание что он "сам" изменяется при записи => находим "передзаписью" в модуле объекта и видим там вызов (8).