Собственно какими документами делается запись в данный регистр? И можно ли их править вручную?
Проблема в чем: Если например сотрудник увольняется 14 января, в регистре это никак не отображается и как будто он и дальше продолжает работать в течении этого месяца(делается запись с видом учета времени "явка")

Т.е. смысл вопроса в чем?
Кому-то нужно открыть массово все конфигурации в конфигураторе, все, в которых есть регистр с таким наименованием и затем выдать обзор, что происходит с этими регистрами?

(1) Нет, не в этом дело. Имеется отчет по отработанному времени сотрудников, который как раз таки считает фактически отработанное время по этим регистрам, а т.к. информация в них некорректна, соответственно и отчет формируется неправильный

(0) А конфа какая?
Про ЗУП 3.1 могу сказать:
Если в записях в колонке "График" справочник "Графики работы сотрудников", то эти записи попали при записи этого же справочника.
Когда в записях в колонке "График" находится Сотрудник, вроде такие записи пишутся туда при проведении Начисления зарплаты, но не уверена.

В ЗУП 2.5 было по-другому, когда в записях в колонке "График" нах-ся сотрудник, это были записи после проведения документа "Индивидуальный график".

(2) отчет типовой или нет? Если нетиповой, значит, в нем накосячили. Если у вас ведутся Табели и это ЗУП 3.1, то логичнее считать фактическое время по регистру накопления Данные табельного учета рабочего времени.

(0) Табель Т-13 введите. Кадровые документы не делают движений в этом регистре.

(0) См. регистр "Состояния сотрудников" и "Данные состояний сотрудников". Если сотрудник увольняется, это будет отражено как "Состояние" = "Увольнение" с даты, следующей за датой увольнения.

(2) Нужно исправить отчет. Учитывать данные из регистра только за период, когда сотрудник работал.