Дело в том, что при обновлении ЗУПа, не обновились печатные формы доработки(если я правильно выражаюсь), как их можно туда загрузить?

(0) Если макеты изменены в пользовательском режиме, то автоматически ничего не получится сделать, НЯП. Лучше править макеты в расширении.
https://its.1c.ru/db/pubextensions#content:43:hdoc:_top

[url=http://google.ru/]1[/url]
http://google.ru/
<a href="http://google.ru/">2</a>;