Собственно, если указана реализация в строке товара, то ГТД не заполняется, если убрать реализацию, ГТД попадает в виды запасов
Сижу разбираю запросы
Может кто уже решал такую проблему?

Оказывается в итоговом запросе стоит левое соединение по:
        И (ТаблицаДокумента.ДокументРеализации = Неопределено ИЛИ ТаблицаДокумента.ДокументРеализации = Остатки.ДокументРеализации)
а в запросе остатков принудительно
        НЕОПРЕДЕЛЕНО КАК ДокументРеализации,
в результате условие соединения, если в Возврате заполнено основание реализации, всегда срабатывает в ложь

РЕШЕНИЕ (если кому понадобится) в запросе остатков в процедуре ТаблицаОстатковТоваровПереданныхНаКомиссию(:
    |    &ДокументРеализации КАК ДокументРеализации,
и
        Запрос.УстановитьПараметр("ДокументРеализации", ДокументОбъект.ДокументРеализации);

Похоже косяк разработчиков.