Часть сотрудников работает на полностью сдельной оплате труда.
При выплате аванса заносится объём сделанной ими работы и рассчитывается сколько они должны получить.
При оплате за вторую половину месяца соответственно должен вносится оставшийся объём проделанной сотрудниками работы.
Но выходит что при этом надо вычитать вручную уже раннее внесенный объём работы за первую половину месяца. А это ни удобно. Как настроить расчёт так, что бы он при окончательном расчете самостоятельно вычитал уже оплаченный объём работы и начислял уже только на оставшуюся часть?

Через документ сдельные работы и промежуточную выплату.

А начисление все в конце месяца.

Ну или заюзать флаг использовать в расчете первой половине и тогда два начисления.

(3) Да, я к этому моменту склоняюсь.