Добрый день!
1С:Предприятие 8.3 (8.3.16.1224)
"Управление торговлей", редакция 10.3 (10.3.37.5)

В настройках синхронизации нет флажка Транслетировать имена файлов сообщений обмена. Так и должно быть или я не туда смотрю?

А когда она там была? Что-то не припомню...

(1) просто база выгружает файл с некорректным именем Message_БУ_БП.zip. В то время как другая база, в эту же папку на FTP, кладёт Message_БП_БУ.zip

(1) Была. https://its.1c.ru/db/bsp314doc#content:281:1:issogl3_подключение_через_ftp-ресурс
Только в БСПшных конфигурациях

(2) Это из за кривой настройки FTP. А флажок это костыль, чтобы ее не делать.

(4) почему тогда другая база без проблем кладёт в это же место файл с кириллицей в имени?