Кто-то сталкивался?

Чем эти некоторые отличаются от остальных?
Разница только в этом.

Там запрос. Он что-то получает. Когда не получает - текст запроса содержит не те условия.
Надо смотреть не на документы, а на записи в регистраторах. Звучит довольно банально, но полей и значений в них не настолько много, чтобы при разборе нельзя было увидеть разницу.

(1) не в курсе, на какой регистр опирается расчетный листок при сборе данных? Не удалось найти сам запрос, собирающий сведения (пока) в коде.

Авансовые выплаты - это только выплаты. Начисление не отображается никак. Документ Ведомость на выплату двигает один и тот же регистр только с разными значениями. Из значений извлекается инфа, которая обрабатывается и выдоится в строки расшифровок, котоые выводятся в расчетный листок. Уже после того, как данные собраны, там идет разборка и подстановка строк расшифровок. Можно поиском найти именно на этих строках, где именно в коде зашито.

Явным образом текст запроса для расчетного листка скрыт в универсальном способе получения данных запросом "Анализ начислений и удержаний"
Происходит динамическое построение текста в процедурах по условиям того, какая именно отчетная форма требуется.

(0) Проблема и решение заключалось в том, что начали вводить документ с чужой для сотрудника фирмой. В табличную часть сумм выплат подобрали чужое подразделение. Закрыли окно сумм, а потом в самом документе переделали на правильную. А вот в таблице выплат осталось подразделение чужой фирмы, что вызвало "выпадение" в моменте стыкования в запросе.