При запуске конфигуратора начинается поиск ссылок на объект и висит.

Произошло это после того как прервали выполнение объединения базы, откатили базу в SQL, откатили папку базы. Т.е. база и папка такие, как было до всего этого.

Почему конфигуратор начинает поиск ссылок на объект? База в SQL при этом переходит в режим "Один пользователь"

Что делать?

В каталоге бд есть файлик restruct (или что-то похожее).
Убери его оттуда.

(1) Спасибо! Помогло.