А вот так специально задумано, что при хранении файлов в томах пропадает возможность создания внутренней иерархии этих файлов в 1С ?
Ну т.е. при хранении файлов в базе можно в списке прикрепленных к документу файлов создать какие-то группы и подгруппы файлов.
А вот при хранении файлов в томах - только плоский список, что не всегда удобно для навигации при большом количестве привязанных файлов.

Ну вот в подопытной КА 2.4.13 - так. Или что-то с настройками ?
Насколько помню, в УТ10, УПП 1.3 тоже как-то не очень было с иерархией файлов.
А в каком-нибудь документообороте, УТ11, erp - аналогично ?
Или где-то все-таки есть иерархия/группы при хранении в томах ?

Навигация - это глазами смотреть?

Ну так-то да, глазами )

Пример:
есть номенклатура, к которой привязано с десяток фото, несколько сертификатов ну и, допустим,  инструкций - в итоге, предположим, файлов 20.
Ожидания при входе в список файлов - 3 группы:
- Фото
- Сертификаты
- Инструкции
которые раскрываются:
- Фото
---- файл1
---- файл2
- Сертификаты
---- файл3
---- файл4
- Инструкции
---- файл5
---- файл6

ну и т.п.

Суровая реальность - просто плоский список:

- файл1
- файл2
- Фото
- файл3
- файл4
- Инструкции
- файл5
- Сертификаты
- файл6

А я и не знал, что в базе группировать можно.
На диске - понятно, почему так сделано. Сразу ряд проблем возникает - ведь файл будет идентифицироваться по полному пути.

(0) хранение файлов это не к БСП.
На кой тянуть папки в тома то ?

(4)+ БСП конечно, для 3.1.3 https://its.1c.ru/db/bsp313doc#content:64:hdoc

и не забывать, что есть ещё возможность хранить версии, что сделает бардак.

из пожеланий к доработкам, это не дублировать файлы при повторной загрузке, даже если другой объект.

(0)
С помощью обработки напишите запрос 1С: путь представления, путь на диске.
Обойдите результат запроса и создавайте хард-линки в отдельную папку с помощью cmd.

А вариант создавать сразу с такой структурой проблемный, т.к. при переносе файла в другую папку его нужно физически перенести на дисках. Но если это не делается, вы можете дописать процедуру сохранения в томах и указывать свою структуру.