Есть необходимость выгружать не все виды документов при типовой синхронизации с авторегистрацией.
В настройках синхронизации я эту возможность не наблюдаю.

(0) > при типовой синхронизации
Пушо, возможность указывать документы для выгрузки (точнее не добавлять, а удалять) она влияет на "целостность" выгружаемых данных. Синхронизация "типовой" не просто так называется.

Пиши свои правила.

(1)Есть мнение, что можно подправить существующие.

Оказывается в УНФ есть встроенная возможность.