Может ли использовать совместно аппаратные и програмные лицензии?

(0) это смотря какой именно сервер,
необходимо учитывать, что у программных лицензий нет аналога HASP LM, который может раздавать лицензии клиентам, т.е.
- если сервер терминальный или лицензии раздает сервер 1С/модуль веб сервера, то проблем не возникает,
- если же нет терминала и клиенты получают лицензии сами от HASP LM, а программные будет раздавать сервер 1С, то возможны "нюансы" при подсчете лицензий,
- если база файловая, нет RDP и база не опубликована на веб-сервере, то активировать программную лицензию на сервере и вовсе нельзя, т.к. раздавать её клиентам будет некому
к сожалению вы не озвучили, какой именно у вас сервер, поэтому выбирайте