День добрый.
Делаю отчет в СКД. 2 набора данных по остаткам и оборотам, связываю по номенклатуре, группировка по номенклатуре и документам. Все норм, но не удается сделать так чтобы выводились корректно документы из этих двух запросов. Выводятся документы из 1 запроса, а из другого нет. Думал сгруппировать документы в настройках структуры отчета, но выдает ошибку, что нельзя.

Связи наборов данных в СКД работают по принципу левого соединения. Но если ухитриться наложить отбор только на данные "правого" набора, то соединение превращается во внутреннее.
Если у тебя проблема за пределами этих особенностей - скорее всего неправильно настроены условия соединения.
ЗЫ. Мой стандартный совет - использовать наборы данных только в исключительных случаях, а не для банальной декомпозиции запроса. Просто потому, что это менее универсально.

Мне надо сравнить движения по документам из двух регистров (по одинаковым наименованиям номенклатуры) Как тогда лучше это сделать?

Думал сначала сделать в СКД: запрос по 1 регистру и вложенный запрос по 2, но не знаю как получить ресурсы из 2 запроса

По одним и тем же регистраторам?
ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
с последующим
СГРУППИРОВАТЬ ПО
   Регистратор, Номенклатура

здесь рассматривали подобный отчет https://learn.programstore.ru/video_kurs_skd

но если данные в одной базе 2 набора ни к чему. делать надо через объединение (в запросе)

(4) Могут быть и разные регистраторы

(5) Создавать вложенный запрос?

(6) То есть, нужна группировка до номенклатуры но с возможностью детализации до регистраторов из обоих регистров? Тогда объединение без группировки. Группировка по номенклатуре будет уже в настройках СКД.

Да к примеру у Номенклатура1 по 1 регистру приход 5, по второму приход 6 и надо вывести список документов по обоим регистрам чтобы найти где не совпало.

ВЫБРАТЬ Номенклатура, Регистратор, Приход КАК Приход1, 0 КАК Приход2
ИЗ
  Регистр1
ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
ВЫБРАТЬ Номенклатура, Регистратор, 0, Приход
ИЗ
  Регистр2

В вычисляемых полях СКД можешь добавить поле разницы между Приход1 и Приход2, в условном оформлении включить красный цвет фона для ненулевой разницы по номенклатуре и наслаждаться.

Мне надо видеть, что этот приход был по 1 регистру, а этот приход по 2.

(12) А у тебя для этого разные колонки для приходов по разным регистрам. Не тупи :)

ВЫБРАТЬ Номенклатура, Регистратор, Приход КАК Приход1, Расход КАК Расход1
ИЗ
  Регистр1
ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
ВЫБРАТЬ Номенклатура, Регистратор, Приход Как Приход2, Расход Как Расход2
ИЗ
  Регистр2

Так?

(15) Нет. Колонки для объединяемых наборов общие, определяются только порядком, а названия берутся по первому набору. Смотри (10)

(14) Не так. Понял

Без хорошего владения языком запросов в 1С никуда.
Мой путь был через https://www.sql-ex.ru (Правда тогда он назывался иначе и не знаю, насколько он жив сейчас).
Отличный ресурс для практического овладения. Это не 1С, но язык запросов 1С является диалектом классического sql, так что вполне.

Сделал как в (10) Стало лучше, только почему то при включении группировки по документам не показывает остатки начальные и конечные по 2 регистру

Может не хватает где нибудь ЕстьNull ?

ВЫБРАТЬ
    СырьеОстаткиИОбороты.Регистратор,
    СырьеОстаткиИОбороты.ПериодСекунда,
    СырьеОстаткиИОбороты.МПЗ,
    СырьеОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток КАК НОС,
    0 КАК НОШ,
    СырьеОстаткиИОбороты.КоличествоПриход КАК ПС,
    0 КАК ПШ,
    СырьеОстаткиИОбороты.КоличествоРасход КАК РС,
    0 КАК РШ,
    СырьеОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток КАК КОС,
    0 КАК КОШ
ИЗ
    РегистрНакопления.Сырье.ОстаткиИОбороты(, , Авто, , ) КАК СырьеОстаткиИОбороты

ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ

ВЫБРАТЬ
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.Регистратор,
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.ПериодСекунда,
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.Шихта,
    0,
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток,
    0,
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.КоличествоПриход,
    0,
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.КоличествоРасход,
    0,
    ШихтаМастеровОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток
ИЗ
    РегистрНакопления.ШихтаМастеров.ОстаткиИОбороты(, , Авто, , ) КАК ШихтаМастеровОстаткиИОбороты

Как то выборочно делает при группировке по докам: Нач остатки по 2 регистру не показывает никакие, а конечные остатки по нему только итоговые выдает

(19) Честно говоря, не приходилось в одном отчете одновременно детализировать остатки по двум разным регистрам. Поэтому я ни в чем не уверен :)
Первым делом я бы проверил настройку ролей полей в СКД (на ИТС есть пара статей про это, самая полезная - как корректно настраивать "собственные" остатки, а не из регистра остатков).

Во всем, о чем писалось выше, я уверен на уровне оборотов. А вот расчет остатков СКД - это отдельная магия со своими особенностями.

Вот у остатков 1 регистра в Ролях указано имя "Группа", а у 2 регистра "Группа2" Может в этом дело, хотя пробовал везде указать "Группа" но выдает ошибку

Обнаружил: в Начальных остатках, если есть вес у 1 регистра, то показывает 0 у второго и наоборот.

связь нескольких наборов данных - это простейший случай !для убогих" и для экономии времени.
пиши дин набор - серьезный запрос.

Вот решение: https://infostart.ru/1c/articles/702234/

Сделал как там и все пашет как часы.

(28) Интересно. То есть все полечилось добавлением неявного обязательного измерения-разделителя?

(30) Ага. Вот как до такого догадаться?

(31) Видимо "Опыт - сын ошибок трудных, и гений - парадоксов друг". Чтобы поймать СКД - нужно думать как СКД!