Собственно задача простая
1. Получить остатки по товарам
2. Получить склады по которым получили остатки
3. Получить номенклатуру по которым получили остатки

Какие варианты вижу
1. Можно сделать запрос с тремя пакетам в каждом получая остатки, только для 2 и 3 выбрать Без повторяющих
2. Либо сделать запрос по остаткам, поместить во временную таблицу, из нее потом получить остатки, склады и номенклатуру и затем удалить временную таблицу.
3. Можно получить таблицу по остаткам, а потом обходом заполнять массивы складов и номенклатуры, предварительно делая поиск

Как будет правильнее и быстрее?

Можно в одном пакете выбрать остатки во временную. Потом в двух запросах получить разные склады и разную номенклатуру. Пакет сам уничтожит временную таблицу.

Не всегда есть правильно и неправильно

(0) да все будет быстро

Различия могут быть только на разных объемах данных

(0) Оперативные остатки можно объединять с другими таблицами и даже задавать отборы в ГДЕ и в Соединениях.
Неоперативные остатки - выбирать в ВТ предварительно

(4) огласите понятие оперативных остатков

(4) А если блокировки не накладывать, то есть риск получить три разных таблицы остатков в одном пакете?

(6) Там S блокировка на момент выполнения запроса.

(5) Я лучше передам слово молчаливому Бобу.

(6) Ну и в теме нет уточнения, делаем мы это в транзакции или вне, грязно, в отчете.