Как разруливается ситуация с НДФЛ 15%, если по каждой организации он еще не достиг предела, но в сумме доходов с нескольких организаций в одной базе данных уже достиг?

А какая разница, в одной базе или нет.
Организации то разные.
Как вы поделите то? Считайте по 13 до 5 лямов по каждому лицу, а потом налоговая ему выставит сколько положено.

по каждому лицу - по каждой организации

Сведения подаются каждым налоговым агентом по отдельности.
Даже если один из агентов знает о наличии дохода у данного физлица в других организациях, как он эту инфу сможет включить в свою отчетность?!

(1)(3) СПасибо!