(0)
3. Обе базы догнать до одной версии типовой при сохранении своих доработок в каждой.
Настроить между ними двухсторонний обмен и синхронизировать данные.
Лучше не на стандартных синхронизациях а по типу
https://infostart.ru/1c/articles/792952/
После того как единая системы из двух баз заработает как одно целое начать приводить доработки к одному виду.
Ну и в самом конце тупо снести одну из баз, предполагая что данные уже идентичны и доработки.